Det var utfordringar knyt til å innføre den nye tryggingslova på sivil side. Samstundes vurderte Willoch-utvalet sårbarheita til det norske samfunnet, og fant at det var behov for ei vurdering av organiseringa av dei sentrale tryggingsfunksjonane i Noreg. Tryggingsstaben hadde djup kompetanse, særleg innan teknologiske områder, som i større grad burde kome heile samfunnet til nytte. Samstundes var Forsvaret engasjert i operasjonar i utlandet som kravde ein skarpare form for trygging. Det ville vere veldig utfordrande å løyse alle oppdraga i fortsettinga innanfor same organisasjon.      

Regjeringa foreslo derfor å dele tryggingsstaben, som hadde låge under Forsvarets overkommando sidan 1970. Medan Nasjonalt tryggingsorgan (NSM) vart oppretta som eit sivilt direktorat, vart Forsvarets tryggingsavdeling (FSA) ei eining for trygging til støtte for Forsvarssjefen som etatssjef for Forsvaret. 

Det nye sivile direktoratet fekk nasjonalt ansvar på tvers av ulike sektorar. Regjeringa hadde foreslått å leggje NSM under Forsvarsdepartementet. Samstundes var det røyster som talte for å leggja NSM under Justis- og politidepartementet (JD), som hadde fått styrka ansvar for samfunnsberedskap. 

Som ein minneleg løysing fekk NSM rapporterings- og ansvarslinje til begge departement, men Forsvarsdepartementet var administrativt ansvarleg for direktoratet. Stortinget var bekymra for ei slik ordning og bad om å bli orientert om erfaringane framover. 

I 2019 tok Justis- og beredskapsdepartementet over det administrative ansvaret for NSM frå Forsvarsdepartementet.