På 1960-talet vart tryggingsinstruksen utvida for å følgje samfunnsutviklinga. Særleg organiseringa og plasseringa av ansvaret for tryggingsforvaltninga på sivil side vart diskutert. Overvakingstenesta ønsket å overta ansvaret. Det var kamp mellom etterretningsfunksjonane om ressursane, og tryggingssida tapte ofte denne kampen. 

Det kunne vere ei utfordring at tryggingsinspektøren var nært knytt til Statsministerens kontor (SMK). Kritikk av tryggingsarbeidet kunne lett bli til kritikk av regjeringssjefen. Det var tilfellet i Sverige, der oberst Wennerstrøm vart dømt for grov spionasje for Sovjetunionen i 1964. 

Utfallet vart ei omorganisering av dei øvste tryggingsfunksjonane. Det vart etablert ein eigen tryggingsstab i Forsvarsstaben. Det politiske ansvaret vart plassert hos forsvarsministeren. 

Etableringa av ein egen tryggingstab på ei side og ei stadig raskare teknologisk utvikling på den andre, gjorde at arbeidet med å modernisere instruksar og retningsliner vart intensivert. Mellom anna vart det første datatryggingsdirektivet utgitt i 1969. Personelltryggingstenesta vart meir open om at kontroll av personellet faktisk gjekk føre seg.

Ei rekkje nye retningslinjer og instruksar skulle dei neste åra dels supplere tryggingsinstruksen med nødvendige detaljar. Også andre sentrale lovverk med innverknad på sivil side som lov om «forsvarshemmelegheiter» og lov om forsvarsviktige oppfinningar vart gitt tilsvarande utfylling og rettleiing. Andre direktiv gjaldt berre i Forsvaret.