Økt dronebruk skaper utfordringer for nasjonal sikkerhet. Det er observert flere tilfeller av uautorisert droneaktivitet i forbindelse med militære øvelser og ved forbudsområder, hvor det er forbud mot fotografering, filming og bruk av andre sensorer fra luften.

Utstrakt droneaktivitet innebærer at det tas enorme mengder bilder av landskap, bygninger og mennesker. Flere leverandører tilbyr lagring av data i en sky-løsning. Som følge av dette samles store mengder av ulike type geotagget data (bilder, film og så videre) som en trusselaktør kan utnytte dersom den får tilgang. Dette gjelder alt fra informasjon om enkeltpersoner til detaljert kartlegging av områder der data fra flere droner i samme område kan sammenstilles. På denne måten kan etterretningstjenester få hjelp av intetanende personer over hele verden til innhenting av store mengder verdifull informasjon. Tilsvarende problemstilling gjelder for data aggregert fra blant annet andre mobile og autonome enheter. Trusselaktører kan få tilgang til store mengder data dersom sikkerheten i leverandørens løsning eller i datasenteret der slik informasjon lagres, ikke er tilstrekkelig god. Statlige etterretningsorganisasjoner har i noen land tilgang på informasjon som er lagret i private datasentre som er lokalisert innenfor landets grenser eller som driftes av selskaper registrert i landet.

For å unngå uønsket innhenting fra droner er det etablert forbudsområder i henhold til forskrift om kontroll med informasjon innhentet ved bruk av luftbårne sensorsystemer. På NSMs nettsider ligger en oppdatert oversikt over forbudsområder. Observasjoner innenfor eller i nærheten av sensorforbudsområder må varsles til NSM og andre relevante myndigheter. Dersom droneoperatøren lokaliseres, må politiet involveres. 

I andre deler av verden øker bruken av droner som våpen. Droner med eksplosiver har blant annet vært benyttet i Syria, i et påstått attentatforsøk mot president Maduro i Venezuela og i angrep på to viktige oljeinstallasjoner i SaudiArabia. En drone med eksplosiver kan gjøre store ødeleggelser til en lav kostnad.